Действие сюжета разворачивается в 1942 году, спустя несколько месяцев после того, как союзники смогли расшифровать код шифровальной машины «Энигма». На оккупированных территориях началась новая волна антинацистского сопротивления. Команда известной подводной лодки, которой теперь командует капитан Клаус Хоффман, столкнется с ещё более суровыми испытаниями и военными конфликтами.
«Подводная лодка» — это рассказ о трудных решениях, выживании, границах человеческих эмоций и жестокой реальности жизни в условиях бессмысленной войны.